Bagi Gus Dur, kebebasan dan kemerdekaan adalah hak bagi setiap warga negara. Negara wajib melindunginya sesuai dengan konstitusi. Perlindungan terhadap hak-hak kelompok minoritas dan ter-marginalkan wajib dilakukan dikarenakan termasuk dari amanat Undang-undang Dasar. Artinya, keberagaman atau pluralitas yang dimiliki bangsa Indonesia adalah suatu keniscayaan yang wajib diakui dan dijaga sebagai bentuk komitmen bersama dalam kehidupan berbangsa dan bernegara.
Perundang-undangan yang dianggap tak sesuai dengan Undang-undang Dasar 1945 dan Pancasila, oleh Gus Dur dihapus. Bahkan, pada masa pemerintahannya, Gus Dur pernah bersitegang atau bertentangan dengan Lembaga MPR dan DPR dengan dikeluarkannya Dekrit pembubaran akan lembaga tersebut. Pertentangan ini mencapai klimaks dengan pemakzulan Gus Dur dari jabatannya sebagai Presiden. Sebagai konsekuensi logis atas kebijakannya, Gus Dur dengan jiwa besar menerima pelengseran tersebut.
Walaupun berakhirnya Gus Dur sebagai pemimpin negeri ini secara tidak terhormat, tetapi masih banyak rakyat yang mencintainya. Hal ini dikarenakan model dan cara Gus Dur memimpin begitu dekat dan bermuara pada kepentingan rakyat bahkan kepentingan rakyat diatas segala-galanya. Dalam kepemimpinannya, Gus Dur berpedoman pada kaidah Tasharuf al-Imam ala ar-Ra’iyyah Manutun bi al-Maslah (kebijakan dan tindakan seorang pemimpin atas rakyatnya harus mempertimbangkan kesejahteraan mereka). Tipologi inilah, yang membuat Gus Dur selalu melekat dalam hati sebagian besar masyarakatnya bahkan hingga berpulangnya ke sisi Allah swt.
Ketiga, Gus Dur seorang cendekiawan atau intelektual. Selain memperdalam ilmu di pesantren, Gus Dur juga pernah mengenyam pendidikan tinggi, khususnya tentang keagamaan pada Fakultas Syariah Universitas Al-azhar, Kairo, Mesir (1964-1966) serta kiprahnya di pelbagai organisasi keagamaan, baik tingkat nasional maupun dunia, mengantar Gus Dur sebagai sosok pribadi yang mempunyai pengetahuan luas, mendalam, dan universal.
Berbagai ilmu pengetahuan ia pelajari dan beberapa bahasa juga dikuasainya. Ini menunjukkan bahwa Gus Dur adalah seorang cerdik-cendekia yang pernah dimiliki bangsa ini. Komitmen dan kecintaannya akan ilmu pengetahuan tak ada seorang pun yang meragukan. Kebebasan intelektual yang selama ini Gus Dur perjuangkan patut kita kagumi dan teladani. Pemikirannya sangat khas. Ia mengkomparasikan antara pemikiran ke-Islam-an dengan ke-Indonesia-an dalam konteks bangunan kehidupan berbangsa dan bernegara. Itulah autentisitas pemikiran Gus Dur yang jarang dimiliki kebanyakan orang.
Baca Juga: 2 Gagasan Habib Husein Ja’far untuk Para Kyai dan Nyai Muda Pesantren